Позднее в 1995 году было выпущено обновление Ultimate Mortal Kombat 3, где присутствуют значительно больше персонажей, чем в Mortal Kombat 3.
В 1996 году для домашних консолей и ПК была выпущена игра Mortal Kombat Trilogy, куда были добавлены ещё несколько персонажей.
Шао Кан, проигравший Лю Кану в битве (события МК2) и уставший от поражений его слуг на турнирах против землян, начинает приводить в действие план, начало которому было положено 10000 лет назад.
По его приказу Теневые жрецы, возглавляемые Шан Цзуном должны были оживить бывшую королеву Кана — Синдел, которая умерла почти сразу после захвата Каном Эдении.